股市上买基金和支付宝上买基金的区别如下：
1、购买种类不同
在股市上，投资者只能购买场内基金，与购买股票差不多，而在支付宝上买基金，只能买支付宝代销的场外基金，不具有交易五档明细。
2、交易费用不同
股市上买基金，只收取佣金费用，其收费标准根据证券公司不同，其收费标准不同，一般按照成交额的万分之三收取；而在支付宝上买基金，收取一定的申购费用，申购费率与成交金额相关，即成交金额越大，申购费用越低，成交金额越小，申购费率越高。
3、交易门槛不同
在股市上购买基金的最小买入数量为100份，而在支付宝上购买基金的申购一般是10元，或者1000元起。
4、基金确认不同
支付宝上购买基金，遵循未知价原则，即基金在申购以申请当日收市后的基金份额资产净值为基础计算其买入的基金份额，如果投资者在15:00之前申购基金，按照当天晚上公布的净值确认份额，如果在15:00之后申购基金，则按照下一个交易日公布的净值确认份额，而在股票市场上购买基金，一般会立马买入成功。
5、基金报价频率不同
在股票市场上购买基金，其价格一般每10秒报一次价格，而在场外购买的基金，一天报一次价格，一般在晚上8-9点公布。
同时，投资者可以利用场内场外基金的价差，来进行套利操作，即当市场上的etf价格小于净值时，投资者可以在二级市场低价买入etf基金份额，然后在一级市场按净值将份额赎回，再在二级市场将股票抛售，完成套利；当市场上的etf价格大于净值时，投资者可以从二级市场买入一篮子股票，然后在一级市场按净值转换为etf基金份额，再在二级市场将etf高价卖掉，完成套利。
投资者在进行场内场外基金套利时，其套利所产生的差价一定要大于其手续费用，交易手续费用包含基金申购费用、赎回费用、基金买卖费用（佣金，场内基金卖出无印花税和过户费），否则得不偿失。